Les primates
Trois espèces se croisent sur Unguja. Le colobe roux de Zanzibar, endémique et en danger, se déplace en groupes bruyants dans la canopée et se nourrit surtout de feuilles. Le singe de Sykes, plus discret et plus opportuniste, fréquente les lisières et les jardins. Le vervet complète le tableau.
Les antilopes de forêt
Trois petites antilopes vivent dans les fourrés : le céphalophe d'Aders, rare et localisé, le céphalophe bleu de Zanzibar, et le suni. Ce sont des animaux crépusculaires, extrêmement farouches, que l'on entend plus qu'on ne les voit. La chasse au collet a longtemps pesé sur leurs effectifs.
Les carnivores discrets
La genette servaline de Zanzibar mérite une mention particulière. Elle n'a été décrite formellement qu'en 1998, à partir d'un spécimen mort depuis longtemps ; les premières photographies d'un individu vivant datent de 2003. La civette africaine et plusieurs mangoustes complètent la liste, aux côtés d'une civette palmiste repérée en 2004.
Le léopard de Zanzibar
C'était le seul grand carnivore de l'île. Il est aujourd'hui considéré comme disparu, éliminé par la chasse et la perte d'habitat. Son histoire est inséparable d'une croyance locale : l'animal passait pour être élevé par des sorciers qui l'envoyaient nuire aux villages. Cette réputation a rendu son extermination populaire.
Une enquête menée en 1996 auprès de villageois et de chasseurs a recueilli des signalements pour chacune des années 1990 à 1996. Rien n'a jamais été confirmé depuis, et le programme de conservation envisagé au milieu des années 1990 a été abandonné faute de perspectives.
Un spécimen naturalisé est conservé au musée de Zanzibar. C'est aujourd'hui la seule façon certaine d'en voir un.
Oiseaux et chauves-souris
Les forêts abritent une avifaune modeste mais agréable à observer : ibis hadada, autour tachiro, palmiste africain, petit-duc, martin-pêcheur huppé. Sur l'île voisine de Pemba vivent le zostérops de Pemba et la roussette de Pemba, une grande chauve-souris frugivore.
Et en mer
Le sud-ouest de l'île, autour de Kizimkazi, est connu pour ses dauphins. Les récifs proches abritent la faune classique de l'océan Indien occidental. Le varan du Nil, enfin, se rencontre près de l'eau et surprend souvent les visiteurs par sa taille.